唐虞三代在《尚书·禹贡》中属兖州之域，春秋属卫地，战国时处齐之西界。西汉置阳平县，属东郡。三国、晋均属阳平郡。北齐改阳平县为乐平县。北周置武阳郡，治乐平县。

隋开皇六年（586年）复名阳平县。隋开皇八年（588年）改称清邑县。隋开皇十六年（596年）改清邑县为莘州。隋大业二年（606年）改莘州为莘县，此为莘县名称之始。

唐武德四年（621年）析其地置莘亭县，属魏州，莘县、莘亭两县并存。次年改莘县为莘州。唐贞观四年（630年）莘州、莘亭两县俱废，复置莘县，属魏州。

宋时莘县属河北东路大名府。元时改属东昌路。明、清两代属山东布政使司东昌府。

1913年，属济西道（1914年改称东临道）。1925年，属东昌道。1937年1月，属国民党山东省第六督察区。1939年9月，建立抗日民主政府，属鲁西行政委员会。1940年4月，属鲁西行政区鲁西北专区，同年11月改称第三专区。1943年7月，莘县与朝北县合并为莘朝县，属冀南行政区第七专区（鲁西北）。1945年5月，朝北地区划出，莘县复置，属冀鲁豫行政区第七（鲁西北）专区。同年10月，属冀南行政区第一专区。

1949年8月，冀南第一专区撤销，莘县改属平原省聊城专区。中华人民共和国成立后，莘县仍属平原省聊城专区。1952年，平原省撤销，属山东省聊城专区。1956年3月，观朝县撤销，朝城、妹冢2个区划归莘县。1958年12月，莘县建置撤销，燕店、王奉2个公社划归冠县，其他划归范县。1961年7月，莘县建置恢复，原划为冠县、范县辖区全部归回莘县。1964年4月，范县北部的古云、观城、樱桃园、古城、王庄集5个区划归莘县。1967年，属山东省聊城地区。1997年8月，聊城地区改称聊城市，莘县仍属之。